Ligoninėje funkcionuoja šie skyriai:
- Priėmimo-skubios pagalbos skyrius
- Terapijos ir neurologijos skyrius
- Chirurgijos ir traumatologijos skyrius
- Operacinės, reanimacijos ir intensyvios terapijos skyrius
- Pasvalio palaikomojo gydymo ir slaugos skyrius I aukštas
- Pasvalio palaikomojo gydymo ir slaugos skyrius II aukštas
- Joniškėlio palaikomojo gydymo ir slaugos skyrius
- Psichiatrijos skyrius
- Fizinės medicinos ir reabilitacijos skyrius
- Vaikų raidos sutrikimų ankstyvosios reabilitacijos tarnyba
